一个企业的核心技术代表着企业的竞争力和参与市场的竞争力。哈工大科软依托哈尔滨工业大学雄厚的研发实力，已经在实践中培育了一支精湛的技术研发队伍和管理咨询队伍。哈工大科软从96年成立伊始，就把核心技术创新作为企业的生命线。因此，九年来，哈工大科软在面对国际和国内信息技术飞速发展的严峻形势下，能够始终保持产品核心技术的领先地位，关键在于核心技术的不断创新，坚定不移地走了一条民族化、本土化、个性化的发展之路。
　2000年，哈工大科软ERP V 1.0版被信息产业部1230号文件公告为我国具有自主知识产权唯一的ERP软件。
　2001年，哈工大科软《基于ERP的电子商务》被列为国家高技术产业化示范工程。
　2002年，哈工大科软ERP被国家五部委评为国家级重点新产品。
哈工大科软承担了黑龙江省《基于企业信息化的软构件标准体系》的研发（国家项目），经国家验收并测试合格，该项目已由省技术监督局以文件颁布实施。
　　2003年，哈工大科软受国家经贸委委托，用先进的.NET技术研发成功国家医药统计网，辖属在线直报单位4000余家，拥有全国最大的医药数据库。
　　美国微软公司董事长比尔·盖茨在2月27日下午的北京新闻发布会上宣布哈工大科软公司成为微软在中国推广.NET 技术的战略合作伙伴。6月成为国内首批通过微软.NET Connect Logo认证的七家企业之一。10月，哈工大科软通过了windows sever 2003认证，包括科软移动应用通讯1.0版、科软B2B电子商务应用平台、科软食品物流系统电子商务平台和科软中小企业ERP标准版本等四个产品，经微软送交欧洲第三方测试，获得认证通过。它标志着科软公司的产品已经融入国际化轨道，正按照标准化、工程化的要求进行规范运行。
　　2004年，哈工大科软《科软人力资源管理 HR V1.0》、《科软医药销售管理系统V1.20》被中国软件行业协会评为中国2003推荐优秀软件产品。
　　美国微软在北京召开中国移动者大会，美国微软全球副总裁张亚勤博士在会上用手机演示了三个软件，其中两个是国外的游戏软件，一个是哈工大科软的移动商务伴侣软件。
　　哈工大科软同欧盟在开放源代码上进行项目合作。亚洲国家只有中国和印度，中国则由哈工大科软和清华大学参加。
　　2005年，哈工大科软《办公自动化软件系统》被中国软件行业协会评为中国2004推荐优秀软件产品 。
　　参与实施微软合作开发六方协议，参与单位有微软中国有限公司、微软全球技术中心、哈尔滨工业大学管理学院、哈尔滨工业大学科软股份有限公司、摩托罗拉电子中国公司、多普达中国公司。
　　哈工大科软公司应用微软的智能手机开发技术为摩托罗拉研制销售统计系统，并在北京销售网推广。这是微软典型企业级应用的典型案例，将进一步在全国手机销售网络进行推广。哈工大科软被微软公司确认为2005年智能手机开发的中国唯一合作伙伴，并且与美国微软总部签署合作开发协议，成为微软下一代手及操作系统的测试单位。哈工大科软可以在市场正式发布前获得系统的开发平台。